Nätverket HEXAnord

Projektperiod: juli 2009 - 30 okt 2012

HEXAnord är ett forskningsnätverk med deltagare verksamma inom hälsovetenskap, datavetenskap och informationsteknik i Norden och Baltikum. Det övergripande syftet med nätverket är att undersöka skillnader och likheter i text i elektroniska patientjournaler i de olika länderna med hjälp av text mining. Ett annat syfte med nätverket är att stärka samarbetet mellan de deltagande universiteten i de nordiska och baltiska länderna.

Mål med nätverket

Att utbyta erfarenheter, kunskap och verktyg inom språkteknologi och text mining på elektroniska patientjournaler.
Att arrangera en forskarskola inom text mining och patientjournaler
Att stimulera mobiliteten bland forskare i de nordiska länderna
Att skapa syntetiska patientjournaler (se nedan)
Att sprida forskningsresultaten till både vårdsektorn och allmänheten i de nordiska och baltiska länderna

Elektroniska patientjournaler

Sedan några år tillbaka är nästan alla patientjournaler inom sjukvården elektroniska. Detta innebär att den stora mängd information som finns i journalerna numera är mer lättillgängliga för forskningen. Att all information nu finns i elektroniskt format innebär stora möjligheter att utveckla automatiska verktyg för textanalyser av journalerna.

Ett mål med HEXAnord-projektet är att ta fram en syntetisk databas med patientjournaler. Informationen i journalerna ska hämtas från de befintliga journalerna, men ska dekonstrueras så att det inte ska vara möjligt att identifiera personerna bakom journalerna. HEXAnord vill utveckla sådana databaser för alla de språk som finns representerade i nätverket. För att ta fram databaserna behöver man först undersöka skillnader i patientjournaler från de olika länderna, både vad gäller struktur, stil och innehåll.

Deltagare i nätverket

Nätverket består av deltagare från följande forskargrupper:

IT för hälsa, (Clinical Text Mining Group)
Sverige, Stockholms universitet, DSV

Information and language technology for health information and
communication consortium>>
Finland, Åbo universitet, Institutionen för informationsteknologi, Institutionen för vårdvetenskap och Turku centre for computer science (TUCS)

Institutt for datateknikk og informasjonsvetenskap (IDI)>>
Norge, Norges teknisk-naturvetenskaplige universitet och
Norsk senter for elektronisk pasientjournal

Center for biological Sequence Analysis (CBS)>>
Danmark, Danmarks tekniske universitet, Institutt for systembiologi

Machine learning, information extraction and data mining group (MID)
Litauen, Vytautas Magnus University, Faculty of informatics>>

Bioinformatics, Algorithmics, and Data mining Group (Biit)
Estland, University of Tartu, Institute of Computer Science

National ICT Australia (NICTA)>>

(Deltagare Hanna Suominen tillhörde tidigare Åbo universitet).

Publikationer

Allvin, Helen; Carlsson, Elin; Dalianis, Hercules; Danielsson-Ojala, Riitta; Daudaravicius, Vidas; Hassel, Martin; Kokkinakis, Dimitris; Lundgren-Laine, Heljä; Nilsson, Gunnar F; Nytrø, Øystein; Sanna, Salanterä; Skeppstedt, Maria; Suominen, Hanna; Velupillai, Sumithra. Characteristics and Analysis of Finnish and Swedish Clinical Intensive Care Nursing Narrative. Granskat konferensbidrag, 2010.

Roque F., L. Slaughter and A. Tkatsenko: 2010: A Comparison of Several Key Information Visualization Systems for Secondary Use of Electronic Health Record Content, In the Proceedings of Louhi'10 - Second Louhi Workshop on Text and Data Mining of Health Documents, June 5, 2010, held in conjunction with NAACL HLT 2010, Los Angeles, pp 76--83

Program

Diagnosisfinder hittar diagnoser i fri klinisk text skriven på svenska, samt bedömer diagnosens faktualitet. Diagnosisfinder är tränad med CRF++ på annoteringar av klinisk text gjorda och bedömda av läkare.