Institutionens verksamhet bedrivs inom ramen för enheter. Grunden för att bilda enhet är institutionens centrala ämnesområden och att verksamheten innefattar forskning, forskarutbildning, fort- och vidareutbildning, uppdragsutbildning samt samverkan med omgivande samhälle. Grunden kan även vara olika former av specialiserad verksamhet. Institutionen ser verksamhet och engagemang över enhetsgränser som viktiga.

Enheterna leds av en föreståndare som ansvarar för enhetens organisation, resultat, kvalitet, ekonomi, personal och arbetsmiljö. Enheterna har stor frihet att utforma sin interna organisation med beaktande av att personal ges möjlighet till inflytande. Vid enheter med grundutbildning finns en grundutbildningsansvarig. Personer, projekt, uppdrag, kurser och delkurser som ges vid Kungliga Tekniska högskolan (KTH) respektive Stockholms universitet är administrativt unikt knutna till en enhet.

För närvarande finns följande enheter med fullständig akademisk verksamhet:

Enheten för act i kommunikation med teknik

Enheten för act i kommunikation med teknik bedriver forskning inom människa-datorinteraktion (MDI), samarbete via olika IT-system (Social Computing), mobila datorsystem, datorspel, programmerings­språk och teknik för konstnärliga upplevelser. Inom enheten skapas även konst- och teaterföreställningar som studeras på plats utifrån publik- och deltagarperspektiv. Utbildning bedrivs inom speldesign, spelupplevelser, digitala medier, programmering och datalogi.

Enheten för informationssystem

Enheten för informationssystem bedriver forskning och undervisning inom analys, utveckling och ledning av informationssystem och ämnesområden som databasmetodik och datahantering, verksamhetsmodellering och arkitektur, processhantering, kravhantering, affärssystem, IKT-ledning och styrning, systemutvecklingsmetodik, systemintegration, informationssökning, språkteknologi och hälsoinformatik.

Enheten för interaktionsdesign och lärande

Enheten för interaktionsdesign och lärande utforskar människans samspel med informations- och kommunikationsteknologi (IKT) ur flera perspektiv och i tematiska forskningsgrupper, som IKT och lärande, IKT för utveckling, spel och simulering för lärande, kritisk datakunskap, design och kollaborativa teknologier. Utbildning bedrivs inom interaktionsdesign, projektledning och IKT för utveckling. 

Enheten för systemanalys och säkerhet

Enheten för systemanalys och säkerhet arbetar med informationsteknologiska och datavetenskapliga metoder för analys av komplexa system. Syfte är att skapa bättre beslutsunderlag, identifiera och kvantifiera risker, skapa nya tjänster, och att öka säkerheten i det digitala samhället. Forskningen inkluderar data science, immersiva nätverk, cybersäkerhet samt beräkningsbar risk- och beslutsanalys.